1、商标标识权问题
　　网吧连锁经营必须要有统一的企业识别系统。商标是企业的招牌之所在，通常的网吧连锁运营商是用企业名称中的商号来作为其商标标示给予注册的，网吧连锁经营企业在申请注册商标时应当注意选择那些显著性较为突出的商标进行注册。
　　商标不得与他人在先取得的合法权利相冲突，包括他人在先取得的商号、域名、专利、版权等，因此网吧连锁经营企业在注册商标时，应尽可能通过各种手段进行必要的调查、检索，以免与他人的合法在先权利相冲突而产生法律上的障碍。
　　为了有效地保护网吧连锁经营体系的商号权，防止他人在其他行政区域内登记注册与本企业相同的企业名称，企业可以将相同文字同时作为商号和商标使用，在商号和商标文字不同时，也可以将商号文字注册为商标，使商号在受到企业名称登记管理法规保护的同时，受到商标法的保护。
　　2、著作权问题
　　网吧连锁行业的著作权问题主要体现在连锁运营商将自己拥有著作权的作品，通过著作权授权使用合同授予加盟的网吧，连锁运营商委托他人设计的作品的著作权归属以及个加盟网吧中使用的软件著作权是否存在盗版三个方面。
　　根据相关著作权法律的规定，授权使用合同必须采用书面形式，并按照一定的格式将授权的标的、范围、期限、报酬、纠纷的解决等方面给予明确；受委托创作的作品，著作权的归属由委托人和受托人通过合同约定，合同未作明确约定或者没有订立合同的著作权属于受托人；使用盗版的软件是违反软件保护条例的侵权行为，作为连锁网吧更应该积极采用正版软件，以免受到侵犯的指控。
　　3、商业秘密问题
　　商业秘密是指不为公众所知悉、能为权利人带来经济利益，具有实用性，并经权利人采取保密措施的技术信息和经营信息。秘密性、价值性、创新性是商业秘密的三大法律特征。网吧连锁运营商一般都会拥有一些商业秘密，例如机密经营方案、操作手册等。
　　4、专利问题
　　专利主要包括发明、实用新型、外观设计三种。具体到网吧连锁经营更多的体现在发明专利和外观设计专利上。例如符合专利要求的网吧经营方法、外观图形设计等。
　　任何单位或者个人在实施他人专利时，除专利法有特别规定以外(如强制许可情况)，都必须与专利权人订立书面实施许可合同，向专利权人支持专利使用费。被许可人再未经过专利权人同意无权许可合同以外的任何单位或者个人实施该专利。